ビオランテ

遺伝子工学の権威・白神源壱郎博士が北欧神話に登場する植物の精霊から命名したバイオ怪獣。博士によってゴジラの細胞、バラの細胞、博士の亡き娘・英理加の細胞の融合で誕生した。最初は花獣形態で芦ノ湖に出現。ゴジラと対戦する。その後、ゴジラの熱線によって細胞分裂が異常に刺激され、ゴジラを遥かに上回る植物形態へと進化武器は無数の触手と強酸性樹液。ゴジラの分身でありながらゴジラを超えた超ゴジラである。

メカゴジラ

「地球制服を企むブラックホール第３惑星人が造り上げた戦闘用ロボット」「国連G対策センターが２３世紀のロボット工学により完成させた究極の戦闘マシン」「初代ゴジラの骨をベースに開発された対G兵器」作品により背景は異なるが“ゴジラを倒すことを目的に製作された”という共通点を持つ。全身に装備した武器でゴジラと激闘を展開する。

スペースゴジラ

ゴジラ細胞から誕生した宇宙怪獣。破壊神の異名を持つ。ビオランテの粒子、またはモスラに付着したゴジラ細胞のいずれかがブラックホールに飲みこまれホワイトホールから放出される過程で、結晶生物を取りこみながら急速に進化。恒星の爆発による超エネルギーを浴びたことによって成長。ゴジラ以上の攻撃力と凶暴性を持つ究極の戦闘生物となった。地球上で宇宙エネルギーを得るため周囲にクリスタル状の結晶体を作り、体の結晶剣とともに吸収。超重力波「グラビ・トルネード」などを武器にゴジラと戦う。

デストロイア

東京湾海底の古代の地層で眠っていた先カンブリア紀の微小生命体から誕生した大怪獣。1954年にゴジラを葬ったオキシジェンデストロイヤーの使用により、周辺一帯が無酸素状態となったことで復活した。海底トンネルの建設工事によって外気に触れ、増殖、合体を繰り返しながら微小体、幼体、集合体、完全体へと異常な進化を遂げていく。完全体の武器は「オキシジェンデストロイヤー・レイ」と「ヴァリアブル・スライサー」。臨海副都心でゴジラと対戦した。

バトラ

モスラの亜種であり、地球生命が環境汚染などに対し造り出した怪獣。モスラと同様、地球の守護神というべき存在であるが、「守護」を目的とするモスラとは相反し、「破壊」を目的としている存在である。硬質な外骨格に包まれており、触覚ではなく角を持つ。

アンギラス

恐竜アンキロサウルスが核実験で怪獣化したもの。背中には無数のトゲのような突起があり、４足歩行で移動する。初代は動きが速い。2代目はゴジラとは友好関係にあり、行動を共にしている。3代目は身体をアルマジロのように丸めて、体当たり攻撃を行う。なお、頭部のツノは初代が７本、2代目は６本、3代目は７本である。

ガイガン

M宇宙ハンター星雲人が宇宙恐竜を改造して作り上げたサイボーグ怪獣。キングギドラとともに宇宙から飛来し、地球を襲った。M宇宙ハンター星雲人が建設したゴジラタワーから発せられる信号で操られている。頭部にあるバイザー状の単眼と角、鉤爪状の両腕「ハンマーハンド」が特徴。ゴジラとアンギラスの攻撃を受け、キングギドラとともに宇宙に追い返された。

キングシーサー

古代琉球のアズミ王族の守護神。沖縄の伝説の聖獣シーサーと容姿が似ている。沖縄県・万座毛の岩壁内部で眠っていたが、「美童（みやらび）の祈り」という唄で目覚めた。メカゴジラの光線（スペースビーム）を右眼から吸収、威力を10倍に増幅して左眼から発射する特殊能力を持つ。

ドラッド

23世紀、バイオテクノロジーと遺伝子操作によって創られた愛玩生物。未来ではペットとして人気がある。身長約30センチ。特殊な音波の出る笛で操ることが可能。未来人が日本の国力を疲弊させるため、20世紀の日本に３匹のドラットを持ち込み、核エネルギーで合体・変身させ、誕生したのがキングギドラだ。

ベビーゴジラ/リトルゴジラ

核廃棄物の影響で怪獣化した恐竜ゴジラザウルスの幼体がベビーゴジラ。はじめて口にした「花」と人間から与えられた「ハンバーガー」が好物。恐怖を感じると眼が赤く光り、同族に助けを求める。保護した人間からは”ベビー”の愛称で親しまれている。このベビーが成長したのがリトルゴジラ、通称”リトル”である。